Le Phytophthora et la Gommose du Citronnier : Comprendre, Prévenir et Traiter

Les citronniers, comme de nombreux agrumes, peuvent être la cible de diverses maladies et ravageurs. Parmi les affections les plus préoccupantes figurent celles causées par les oomycètes du genre Phytophthora, souvent associées à la gommose. Bien que la gommose et le Phytophthora soient distincts, ils sont fréquemment liés dans le contexte des agrumes, la gommose étant une conséquence visible de l'attaque de certains pathogènes. Comprendre ces phénomènes est crucial pour assurer la santé et la productivité de vos citronniers.

Les Maladies Racinaire et du Collet : Une Menace Invisible

Le sol est un milieu qui regorge de vie. La grande majorité des microorganismes qui s’y trouve dégrade la matière organique en décomposition, mais certains microbes sont pathogènes pour les plantes et s’attaquent généralement aux racines et au collet. Le dépérissement racinaire est une maladie dont les symptômes apparaissent souvent brutalement. Cette maladie est principalement due au champignon Phytophthora cinnamomi. Ce dernier s'attaque essentiellement aux arbres et arbustes d’ornement avec une fréquence accrue chez ceux plantés en conteneur. Il entraîne la destruction rapide des racines conduisant à un jaunissement des feuilles et à un dépérissement soudain de la plante. Le collet et les racines prennent une teinte brune.

Qu'est-ce que le Phytophthora ?

Le Phytophthora des agrumes est un champignon qui se développe en période humide et chaude, comme dans une serre ou véranda mal aérées, et qui atteint l'arbuste par l'écorce fissurée ou coupée. L'agrume finit par dépérir. Le Phytophthora est dû à un oomycète, un organisme aquatique non photosynthétique (classé proche des algues brunes). Il sévit quand les températures sont douces et l'humidité importante. La gommose parasitaire des agrumes est une maladie causée par des champignons du genre Phytophthora, notamment Phytophthora citrophthora. Onze espèces de Phytophthora ont été recensées comme pathogènes des agrumes.

Cycle de Vie et Conditions Favorables

Les champignons responsables de cette maladie sont principalement Phytophthora citrophthora Léonian et Phytophthora parasitica Dastur. Les formes de conservation sont des chlamydospores qui contiennent l’inoculum primaire. La germination de ces spores est induite par une humidité du sol importante et durable (période pluvieuse, irrigation excessive, mauvais drainage…) associée à des températures élevées (30-32°C). Les chlamydospores germent et produisent un sac, ou sporangium, renfermant plus de 50 zoospores. De la même façon, les zoospores se trouvant à la surface du sol peuvent être projetées sur le tronc, les branches ou les fruits.

Les Phytophthora spp peuvent pénétrer directement dans les tissus non lignifiés. Il leur est impossible de traverser directement les tissus lignifiés. Pour cela, une voie de pénétration telle qu’une blessure, une cicatrice florale, ou une fissuration de l’écorce est nécessaire. À partir de ces explications, il est aisé de comprendre que les maladies à Phytophthora spp s’intensifient après une période pluvieuse prolongée, avec des températures élevées (28-32°C), et ce plus particulièrement dans des sols ressuyant mal, mal drainés et/ou excessivement irrigués. Les zoospores sont attirées par les blessures ou par la zone d'allongement des extrémités des racines, où elles germent et pénètrent les tissus. Le pathogène peut pénétrer directement dans les jeunes feuilles et les tiges vertes.

Symptômes du Phytophthora sur le Citronnier

Les symptômes de cette maladie se trouvent localisés principalement sur le tronc : au collet chez les arbres francs ; juste au-dessus du point de greffe chez les arbres greffés. L’attaque se manifeste par une coloration foncée et partielle de l’écorce ; cette dernière se craquelle, se dessèche progressivement, se détache et tombe en écailles, en laissant le bois découvert. L’écorce peut être affectée d’un côté seulement, mais elle peut aussi être complètement encerclée ; dans ce dernier cas, la circulation de la sève est arrêtée, ce qui entraîne le dépérissement de l’arbre. L’arrêt de circulation de la sève se répercute sur la frondaison. Si l’attaque est partielle, la branche se trouvant à côté des lésions sur le tronc meurt rapidement. Ses feuilles jaunissent, ses rameaux se dessèchent.

Les manifestations aériennes comprennent également : les branches noircissent et meurent de leur extrémité en descendant vers le tronc (le nom die back s'applique uniquement à cette manifestation aérienne de la maladie). Il n'y a pas de démarcation franche entre les parties malades et saines. Les feuilles sont ternes, pendent et tombent. Un possible suintement de gomme et l'apparition de chancre au collet, sur les branches, le tronc sont aussi des signes. La manifestation souterraine la plus caractéristique est que les racines pourrissent (couleur marron et plus blanc/crème).

Le Phytophthora chez moi commence par des branches beige marron. C'est souvent après de forte pluie et du vent qui fait tomber les pots au sol. Les arbres touchent donc le sol trempé où la maladie est présente.

La Gommose : Un Signe de Souffrance

La gommose se reconnaît à cette sorte de sève que l'arbre exsude et qui finit par ressembler à de la gomme : il ne s'agit pas vraiment d'une maladie ni d'un ravageur mais d'une conséquence lorsque les nuisibles ou champignons laissent une blessure par laquelle l'écoulement se fait.

Il n'est pas nécessaire de faire un usage systématique de l'aliette. En ce qui me concerne, je n'en utilise plus et mes arbres vivent bien. Aujourd'hui, j'ai le tronc d'un citronnier qui présentait un écoulement de gomme. J'ai nettoyé et désinfecté, et je vais surveiller. J’ai coupé les branches malades, pansement à la BB et mastic. Mon pot était en contact direct avec la terre très humide.

Je n'ai pas d'expérience du Phytophthora, mais j'ai un agrume qui sécrète de la gomme là où il a subi une taille de grosses branches (c'est un citronnier que j'avais trouvé à côté des poubelles de ma rue et qui n'avait plus qu'une feuille et plein de cochenilles et de branches mortes).

À propos, l'oranger Navel dont sont originaires les premiers greffons de cette variété (et, par rebond, toutes les oranges Navel du monde) a survécu à une gommose à Phytophthora grâce à de multiples greffes de racines. Cet oranger-là a même sa page Wikipédia.

Prévention et Traitement du Phytophthora et de la Gommose

La prophylaxie est l'un des leviers les plus importants pour lutter contre les maladies du système racinaire. Certaines actions simples permettent d'en réduire l'intensité ou même tout simplement la survenue.

Mesures Préventives Essentielles

• Gestion de l'humidité et du drainage : Les sols lourds et peu drainants, ainsi que l'excès d'humidité en général, sont des facteurs déclencheurs et/ou aggravants. Pour les agrumes en pot, mettez-les sur des caillebotis pour éviter les flaques d'eau. Bloquez les pots avec de gros cailloux pour qu'ils ne se renversent pas, évitant ainsi le contact direct avec le sol trempé où la maladie peut être présente. Ne pas utiliser de plants non greffés pour les nouvelles plantations et pour les arbres à remplacer, car le point de greffe peut offrir une résistance naturelle au collet.
• Fertilisation raisonnée : Raisonner la fertilisation en évitant les excès d'azote et surtout les apports de matière organique fraîche. Les Pythiums et Rhizoctones, responsables de la fonte des semis et du pourrissement fongique des racines, y prolifèrent.
• Hygiène des outils : Désinfectez toujours vos outils de coupe, vecteurs potentiels de champignons. Utilisez de la javel ou de l'alcool pour la désinfection. Après avoir taillé les branches, mettez de la bouillie Bordelaise sur les zones coupées, car toutes zones coupées sont des ouvertures sur les maladies.
• Stimulants racinaires et défenses naturelles : Implanter des plantes bio-fumigatrices (comme la moutarde blanche par exemple) en interculture ou en engrais verts peut aider. Il est opportun d'appliquer sur l'ensemble des cultures légumières et ornementales ainsi que sur les petits fruits, un stimulateur des défenses naturelles des plantes à base de chitosane. J’ai acheté un stimulant racinaire.
• Choix des plants et conditions d'hivernage : Veiller à la provenance des arbustes, en vérifiant qu'ils soient sains lors de l'achat. Contrairement à une idée reçue, les agrumes ont besoin d'eau et ne sont pas du tout à leur aise en intérieur, ils doivent hiverner autour de 8°C. Si tous les agrumes peuvent être cultivés à l'extérieur dans les régions à climat doux, ailleurs, il conviendra de les planter dans des bacs pour pouvoir les rentrer en hiver, idéalement en orangerie, afin de les protéger des gelées.

Traitements Curatifs

Il n'existe à l'heure actuelle aucun traitement curatif homologué pour les jardiniers amateurs pour lutter contre les maladies des racines. Cependant, certaines techniques peuvent être appliquées en cas d'infection précoce ou pour soutenir la plante.

• Fongicides systémiques : Dans les zones à risques, des applications de fongicides systémiques tels que le Fosétyl-Al (Aliette - 250 g m.a /hl), peuvent être effectuées deux à trois fois par an au moment des flushes (pour que le produit soit absorbé). Il faut tout de même savoir que des traitements curatifs ne sont efficaces que si la maladie est détectée précocement. En cas d'attaques subites de gommose sur tronc, un traitement curatif (e-phy) sera effectué après grattage de l'ensemble des parties atteintes. Traitement à l'Aliette en mettant la plante à l'ombre. Bain des racines dans l'Aliette pendant 30 minutes, mettre un nouveau terreau drainant que vous décontaminez par un arrosage au Prévicur. Rempotage et pulvérisation d'Aliette sur tout l'arbre. Pas d'arrosage pendant au moins 15 jours et à l'ombre.
• Curetage des plaies : On peut faire recours à un curetage des plaies jusqu’au bois imprégné de gomme reconnaissable à sa couleur jaune paille. Cette méthode peut donner des résultats uniquement dans le cas d’une affection partielle du tronc.
• Élimination des parties atteintes : La solution la plus efficace est l'élimination des résidus de récolte, des déchets de production et de toutes les parties atteintes, voire même l'intégralité du végétal afin de limiter l'inoculum de base et la dispersion des germes pathogènes. C'est d'autant plus vrai avec des maladies graves comme le dépérissement des conifères et des éricacées dû à Phytophthora cinnamomi. Pour l'armillaire, il conviendra d'arracher l'arbre ou la plante attaquée, d'en retirer les racines et de brûler ces organes atteints afin de ne pas disséminer le pourridié aux plantes voisines.
• Techniques alternatives : Il est possible d'utiliser des brisures d'orties sèches (83 g d'ortie / l de paillis) en les incorporant au paillage des concombres pour limiter les phénomènes de fontes des semis et d'attaques de Pythium. Pour de grosses surfaces, il peut être intéressant de pratiquer la solarisation, une technique qui consiste à tendre une bâche noire sur un sol travaillé durant les fortes chaleurs d'été. Cette opération culturale permet de désinfecter les sols sur les horizons cultivés (une petite trentaine de centimètres). Ne coupez pas les racines, les parties pourries partiront seules avec le jet d'eau.

Autres Maladies et Ravageurs du Citronnier

Outre le Phytophthora et la gommose, les citronniers peuvent être affectés par une multitude d'autres problèmes.

Maladies Cryptogamiques

• Mal Sec (Mal Secco) : Dit mal secco, est une maladie cryptogamique qui touche plus particulièrement le citronnier et qui aboutit à priver l'arbuste de sève par obstruction des canaux, entraînant un dépérissement. Désinfectez toujours vos outils de coupe, vecteurs potentiels du champignon (Phoma tracheiphila).
• Fonte des Semis : Une maladie cryptogamique qui est causée par de nombreux phytopathogènes. Les symptômes sont caractéristiques : les graines germent puis avortent, les racines se nécrosent, les collets se tachent, la plantule file et finit par s'affaisser sous son propre poids. Il est possible que certaines plantes survivent à la fonte des semis, mais généralement elles gardent un aspect chétif. Cette pourriture peut être provoquée par de nombreuses espèces de champignons.
• Rhizoctone : Peut faire des dommages importants comme par exemple sur les asperges et les fraises où le champignon provoque une dessiccation totale des racines qui deviennent creuses et prennent une teinte violette. Les pieds attaqués meurent rapidement.
• Pythium : Peut provoquer de graves dégâts sur les cultures de concombre où il induit une destruction du chevelu racinaire et des zones de croissance souterraine. Il en résulte des plants plus chétifs, sensibles au flétrissement et qui présentent des feuilles jaunes. Des pourritures plus ou moins humides sont parfois observables au niveau du collet. Sur carottes, les pythiacées induisent une dépréciation de la qualité de la récolte du fait du développement de pourritures sur le pivot.
• Maladie de l'Encre : Sur les châtaigniers et les noyers, les champignons du genre Phytophthora sont également responsables de la maladie de l'encre : les arbres perdent leur vigueur puis sèchent progressivement du haut vers le bas. Cette maladie induit la mort des spécimens attaqués.
• Verticillioses et Fusarioses : Certaines espèces de champignons racinaires et notamment Verticillium albo-atrum, Verticillium dahliae ou Fusarium oxysporum, sont capables d'infecter les racines et de remonter dans les vaisseaux conducteurs de sève. En se développant à l'intérieur de ces canaux, ces champignons vont petit à petit les obstruer provoquant des dommages plus ou moins graves selon les espèces de plantes attaquées.
• Pourridiés : Sont des maladies affectant les racines et ou le collet des plantes ligneuses. Elles sont dues à des champignons capables de décomposer les composants du bois comme la cellulose ou la lignine. On peut en effet la retrouver sur un très grand nombre d'essences forestières, ornementales ou fruitières. Elle affecte bien souvent les rosiers, les érables, les lilas, mais aussi sur des conifères comme les faux cyprès, les cyprès d'Italie et les thuyas. On la rencontre aussi sur les plantes victimes de Rosellinia necatrix, à savoir les kiwis, les cerisiers, les figuiers, les noyers, les oliviers, les pêchers, les agrumes, l'avocatier, les pommiers, le buis et la vigne. Ces champignons dégradent les racines et entraînent donc un dépérissement de l’arbre.

Maladies Bactériennes

• Galle du Collet (Tumeur du Collet) : Agrobacterium tumefaciens est responsable de la création de tumeurs au niveau des racines des plantes attaquées. Plus de 600 espèces végétales y sont sensibles.
• Galle Chevelue : Agrobacterium rhizogenes est une cousine de la bactérie précédente. Elle est responsable de la galle chevelue, une maladie qui induit la production anarchique de racines aussi bien sous la surface du sol que sur les tiges.
• Pourritures Molles Racinaire : Généralement dues à des bactéries du genre Erwinia, et notamment Erwinia chrysanthemi et Erwinia carotovora.
• Galle Feuillue : Rhodococcus fascians provoque chez les plantes attaquées, une multiplication anormale du nombre de tiges. Ces dernières seront courtes et agglutinées, voire parfois même regroupées. Cette maladie s'en prend essentiellement aux espèces ornementales comme les bégonias, les chrysanthèmes, les dahlias, les géraniums, les pétunias ou les tagètes.
• Chancre Citrique (Chancre Bactérien des Agrumes ou Chancre Asiatique des Agrumes) : D'origine asiatique, est une maladie bactérienne causée par la bactérie Xanthomonas axonopodis. Le pied d'agrume va être moins vigoureux et les fruits seront moins beaux s'ils ne tombent pas avec les feuilles de façon prématurée.
• Maladie du Dragon Jaune (Huanglongbing, HLB, Verdissement des Agrumes, Greening ou Maladie des Pousses Jaunes) : Une maladie bactérienne : des insectes-piqueurs porteurs de bactéries issues de Candidatus liberibacter spp.

Maladies Virales et Viroïdes

• Virus du Rattle du Tabac : S'attaque aux pommes de terre, peut être tellurique via des hôtes.
• Tristeza : Un virus qui ne touche pas le citronnier, mais l'oranger et le mandarinier greffés sur bigaradier. Il est transmis par des outils mal désinfectés ayant été en contact avec des insectes (pucerons) porteurs du virus et il se détecte par un dépérissement soudain, triste, d'où le nom.
• Exocortis : Une maladie à viroïde (Citrus exocortis viroid) transmise par un sécateur mal désinfecté ou des greffons atteints, et elle va causer un dépérissement de l'agrume après que l'écorce se soit bien écaillée.

Ravageurs

• Cochenilles : Ces insectes sucent la sève des agrumes et piquent l'arbuste pour injecter une substance toxique à l'origine du dépérissement de la plante. C'est souvent l'atmosphère de la serre ou de la véranda qui favorise le développement des cochenilles farineuses (Planococcus citri). Vous les repèrerez entre les fruits, à l'aisselle des feuilles et en dessous. Ces petits insectes piqueurs sont protégés par une carapace cireuse : ils pompent la sève de la plante et finissent inévitablement par l'affaiblir en faisant sécher des branches entières. Utilisez un jet d'eau un peu puissant afin de les faire tomber des feuilles et de les noyer.
• Fumagine : La fumagine est souvent une conséquence de la présence de cochenilles ou de pucerons, qui sécrètent du miellat, substrat idéal pour le développement de ce champignon noir.
• Teigne du Citronnier (Prays citri) : Un insecte qui passe du stade de chenille à papillon dans un délai court : son évolution complète se fait entre 1 et 2 mois. Elle se multiplie toute l'année et attaque donc les agrumes sans interruption. Si vous détectez la présence de la teigne du citronnier, coupez les boutons floraux attaqués. Vous pouvez aussi pulvériser un insecticide biologique à base de Bacillus thuringiensis, efficace contre toutes les chenilles. La pulvérisation avec de l'huile et du savon noir comme pour les cochenilles, donne de bons résultats.
• Mineuse des Agrumes (Phyllocnistis citrella) : Un tout petit papillon grisâtre, asiatique, récemment apparu en France (fin du XXème siècle) qui pond sur les feuilles des jeunes pousses, permettant ensuite aux larves de creuser des galeries bien visibles faisant disparaître la chlorophylle.
• Pucerons : Les agrumes n'échappent pas aux attaques printanières de pucerons qui conduisent à déformer les feuilles, enrouler les jeunes pousses et avorter les fleurs.
• Mouche Méditerranéenne des Fruits ou Cératite (Ceratitis capitata) : Est une petite mouche qui pond juste sous l'épiderme des fruits, permettant aux larves de se nourrir du fruit. Une fois partie pour la nymphose, la larve laisse le fruit taché et donc abîmé.

Les maladies et ravageurs pourront être minimisés en veillant à la provenance des arbustes, en vérifiant qu'ils soient sains lors de l'achat et en désinfectant toujours précautionneusement vos outils.

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