L'hygiénisation des matières organiques transformées en compost représente un enjeu majeur pour la santé publique, la sécurité au travail et la qualité des sols. Si le compostage à la ferme, destiné à une utilisation sur site, ne fait pas l'objet d'obligations strictes en matière de conditions d'hygiénisation, la compréhension du comportement des micro-organismes, notamment les entérocoques, demeure essentielle pour garantir un épandage sain.
Les impératifs de la montée en température
Le processus de compostage repose sur l'activité microbienne naturelle du fumier, qui génère une montée en température. L'hygiénisation du fumier de cheval en reproduisant les conditions du compostage a été étudiée en laboratoire en 2009 (Hébert et al., 2009). L'objectif était de déterminer le couple temps-température permettant d'assurer la destruction d’agents infectieux pour les équins.
Il a été établi que plusieurs retournements des andains sont indispensables pour que toute la matière soit traitée à des températures hautes, d'au moins 45°C. Pour garantir une hygiénisation complète, un minimum de 50°C pendant 1,5 mois doit être maintenu. Cette exigence thermique est le levier principal pour inactiver les pathogènes persistants.
Résistance des pathogènes dans l'environnement
Certains agents pathogènes sont reconnus comme étant très résistants dans l'environnement. L'agent pathogène Rhodococcus equi et les œufs de Parascaris equorum illustrent cette résilience. Rhodococcus equi est une bactérie pathogène responsable de la rhodococcose du poulain, considérée comme une des causes majeures de mortalité des poulains de moins de 6 mois dans les élevages. L'infection a lieu lors de l'inhalation de bactéries en suspension dans l'air, issues d'un sol contaminé par des fèces équins. R. equi est capable de survivre et de se multiplier dans le sol et le tractus gastro-intestinal.
Parallèlement, Parascaris equorum est un parasite digestif prépondérant chez le poulain avant ou après le sevrage. La principale voie d'infection est l'ingestion d'œufs embryonnés provenant de l'environnement, notamment des pâtures contaminées. Si les chevaux adultes sont généralement immunisés, les vers adultes chez les jeunes entraînent un retard de croissance et éventuellement des coliques et obstructions de l'intestin grêle, justifiant des pratiques de vermifugation régulières.
Cadre normatif et indicateurs de traitement
La norme NFU 44-051 fixe les contraintes sur la composition des produits dénommés « amendements organiques » à apposer lors de leur commercialisation ou leur distribution à titre gratuit. Bien que cette norme ne s’applique pas dans le cadre d’un épandage de compost in situ en élevage, la comparaison de la composition du compost produit en élevage avec les critères de cette norme est toutefois intéressante pour mesurer l’hygiénisation du compost et la qualité sanitaire de la matière organique épandue.
Les teneurs en agents pathogènes mesurées par la normalisation des engrais organiques (NFU 44-051) imposent des limites strictes pour garantir la sécurité sanitaire :
- Escherichia coli : < 100 (UFC/g)
- Entérocoques : < 10 000 (NPP/g)
- Salmonelles : Absence
- Œufs d’helminthes : Absence
La recherche d’œufs d'helminthes par coproscopie permet de s’assurer de la non-dissémination de parasites lors de l’épandage de la matière compostée. La teneur en entérocoques, quant à elle, est une valeur indicatrice de traitement permettant d'évaluer l'efficacité d'hygiénisation du procédé de compostage.
Analyse critique des méthodes de dénombrement
L'évaluation de l'efficacité du compostage repose sur des méthodes analytiques rigoureuses. Une étude a eu pour objectif de comparer la méthode Slanetz / BEA, couramment utilisée pour dénombrer les entérocoques dans les matières fertilisantes d’origine résiduaire (Mafors), au milieu Compass Enterococcus Agar et à la méthode "BEA direct".
La sélectivité de la méthode "BEA direct", testée sur 21 Mafors, diffère de celle de la méthode Slanetz / BEA. La proportion de faux négatifs est plus élevée sur le milieu BEA après repiquage des colonies sur le milieu de Slanetz (BEAsl) que sur le milieu ensemencé directement avec les Mafors (BEAd). Inversement, la proportion de faux positifs est plus faible sur le milieu BEAsl que sur le milieu BEAd, révélant que la méthode "BEA direct" est moins sélective que la méthode Slanetz / BEA. La méthode "BEA direct" et la méthode Slanetz / BEA étant susceptibles de conduire respectivement à une surestimation et à une sous-estimation du nombre d’entérocoques dans les composts, il est difficile de recommander l’une des deux méthodes de manière exclusive.
Suivi des micro-organismes dans les produits organiques
Les micro-organismes recherchés dans les produits organiques (PRO) sont ceux indiqués dans les normes concernant les composts utilisés en agriculture : la NFU 44-095 pour les composts contenant des MIATE (Matière d'Intérêt Agronomique issues du Traitement des Eaux) et la NF U 44-051 qui concerne l'ensemble des amendements organiques.
Les méthodes analytiques employées sont celles préconisées par les normes issues de l'industrie agroalimentaire, telles que la NF EN ISO 7899-1 pour le dénombrement des entérocoques. L'ensemble des seuils est obligatoire pour les composts de boues (NF U 44-095). Pour les autres composts et amendements organiques, seuls les seuils des œufs d'helminthes et des salmonelles sont obligatoires. Les seuils d'E. coli et des entérocoques de la norme sont donnés à titre indicatif.
Dans le suivi des PRO, les populations d'entérocoques fécaux varient significativement, allant de 10² NPP/g à 10⁶ NPP/g selon la nature du compost. Le compost d'OMR et le fumier présentent parfois des teneurs en entérocoques supérieures au seuil facultatif de la norme 44-051. En revanche, dans le DVB, le seuil de la NF U 44-095 est obligatoire et plus élevé (10⁵), ce qui permet une conformité plus aisée.
Fabrication de compost, à l'échelle locale !
Risques sanitaires et sécurité des travailleurs
Au-delà de la qualité du produit final, le processus de compostage comporte des risques pour les travailleurs. Une étude réalisée dans trois centres de compostage traitant des matières organiques différentes (résidus organiques résidentiels, fumier de bovins laitiers, carcasses d’animaux) démontre que les travailleurs sont exposés à des contaminants chimiques et biologiques.
Les particules présentes dans l’air peuvent être inhalées par les travailleurs. En ce qui a trait aux micro-organismes, des bactéries à un niveau qui excède les recommandations ont été détectées dans les centres de compost du fumier et des résidus organiques, tandis que des concentrations importantes de moisissures ont été relevées dans les trois sites, plus particulièrement dans celui où l’on retrouve les carcasses d’animaux. Ces résultats indiquent l’importance d’utiliser de tels marqueurs microbiens puisqu’ils permettront d’évaluer rapidement et de façon spécifique certains des risques pour la santé et la sécurité au travail (SST).
Considérations réglementaires sur les matières premières
Lorsqu'il s'agit de boues de station d’épuration utilisées comme « matière première » pour le compostage selon la norme NF U 44-095, celles-ci doivent respecter des teneurs limites en éléments traces métalliques (ETM) et composés traces organiques (CTO). Ces exigences s'alignent sur les arrêtés régissant l'épandage agricole des boues de stations d’épuration urbaines ou industrielles.
La distinction entre le statut « déchet » et le statut « produit » est fondamentale. Les composts respectant l’ensemble des critères de la norme NF U 44-095 sont considérés comme des « produits » au sens réglementaire, facilitant leur gestion et leur valorisation. L'utilisation d'analyses microbiologiques en routine, réalisées dans des laboratoires départementaux, reste le meilleur moyen de vérifier la qualité sanitaire de la matière organique destinée à l'épandage, assurant ainsi la pérennité des sols et la protection de l'environnement.
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