Le Compost et la Vie Microbienne du Sol : Un Écosystème Essentiel pour la Terre

Schéma des différents organismes vivants dans le sol et le compost

N’importe qui a ouvert un jour un tas de compost a pu s’émerveiller du grouillement de vie qu’il y a à l’intérieur. En effet, seule la macrofaune est visible à l’œil nu (animaux de 2 à 20 mm). La mésofaune et la microfaune (inférieurs à 0,2 mm) ne sont visibles qu’à la loupe, voire au microscope. Tous ces petits animaux tissent des liens complexes d’interdépendance avec la microflore (les algues par exemple), les champignons et les populations microbiennes. Cette activité biologique intense, souvent méconnue dans sa globalité, est pourtant le moteur de la transformation des déchets organiques en un amendement précieux pour les sols.

Le compostage est un procédé contrôlé de dégradation aérobie des matières organiques brutes, produisant un amendement stabilisé et hygiénisé. Ce processus n'est pas seulement une solution écologique pour réduire nos déchets, mais il a aussi des effets incroyables sur nos sols et même sur le climat. Les bienfaits du compost sont multiples : enrichir la terre, aider les plantes à mieux pousser, stocker du carbone, préserver la biodiversité et lutter contre le changement climatique. C'est un véritable allié pour nos jardins et pour la planète, un geste simple, à la portée de tous, qui nourrit la terre, renforce nos cultures et réduit notre impact environnemental.

La Diversité de la Vie dans le Compost

Le type de matières organiques mises à composter (fumier pailleux en tas, restes de cuisine + cartons, paille, feuilles mortes, compost de toilettes sèches, etc.) va influencer la communauté de micro-organismes qui se développera dans le compost. Cette diversité est cruciale, car chaque organisme joue un rôle spécifique dans le cycle de décomposition.

En général, les collemboles, les cloportes et les myriapodes (millepattes) sont les plus faciles à observer. Ces organismes, appartenant à la mésofaune et à la macrofaune, sont les premiers maillons visibles de la chaîne de décomposition. La microfaune prend la suite, et il serait fastidieux de faire la liste complète et d’essayer de détailler les rôles de chacun, tant leur nombre et leurs interactions sont vastes et complexes.

Parfois, certains squatteurs plus gros nichent dans le compost : des limaces se régalant de végétaux encore verts en décomposition, des musaraignes ou des orvets se régalant de limaces ou de gros vers blancs se nourrissant de bois. Il est important de noter que les orvets sont fragiles et ne devraient pas être saisis, car on pourrait les casser. Les larves de hannetons et de cétoines se ressemblent et peuvent avoir une taille identique. Cependant, la larve de cétoine est plus claire, a la tête et les pattes plus petites et le bas du corps plus renflé. La larve de cétoine se déplace sur le dos lorsqu’elle est à la surface, tandis que le hanneton des jardins peut faire de gros dégâts dans les cultures, soulignant l'importance d'identifier correctement les habitants du compost.

Photographie macro de collemboles dans le compost

Les Phases de Décomposition et les Acteurs Microbiens

Dans les composts en andain ou en tas érigé d’un coup, bien mouillés et aérés, et protégés des intempéries, la température du compost s’accroît rapidement jusqu’à environ 60°C, signe d’une intense activité biologique. Ce sont les composts les plus rapides (3 à 4 mois). L’énorme biomasse bactérienne et fongique décompose rapidement les matières organiques. La compétition pour les nutriments est telle que les microbes pathogènes sont détruits (mangés) lors de la fermentation du compost.

La variation de température au cœur du compost induit une succession de populations microbiennes mésophiles (en dessous de 40°C), puis thermophiles et de nouveau mésophiles. Les bactéries dégradent d’abord les matières les plus facilement biodégradables (sucres, lipides, protides, « le vert du compost »), source d’énergie lors de la montée en température. Ensuite, elles s’attaquent à des substances plus difficiles à dégrader comme la cellulose, la chitine (substance durcissante de la carapace d’insectes), les polyphénols, etc.

Après ces phases de dégradation, les microbes réorganisent la matière en grumeaux épais et gras. Ils gèrent l’humidité et l’aération de leur milieu comme dans un sol vivant, grumeleux. C’est à ce stade de maturation qu’interviennent les vers de fumier (Eisena foetida). Laissé en tas, les vers le quitteront peu à peu une fois leur travail accompli.

Les Bactéries : Les Cuissoniers des Plantes

Lorsqu’on parle de microbes, on pense immédiatement aux bactéries, et pour cause, elles constituent souvent le groupe le plus nombreux dans le sol et le compost. Les bactéries jouent plusieurs rôles importants. Elles décomposent les matières végétales mortes et transforment les nutriments en formes assimilables par les plantes. Ce sont en quelque sorte les « cuisiniers » des plantes, puisqu’elles leur préparent, à partir de formes d’azote inassimilables, leur nourriture azotée préférée, à savoir les nitrates.

Un autre rôle, tout aussi essentiel, de certaines bactéries du sol est de fixer l’azote de l’air pour le mettre à la disposition des plantes sous une forme qu’elles peuvent utiliser. Sans elles, les plantes auraient dû, jusqu’à la découverte de la synthèse chimique de l’azote, se contenter de celui contenu dans le fumier, le purin et les résidus de récolte, ce qui est très insuffisant. Parmi elles, on trouve ce qu’on appelle les fixateurs libres, principalement les Azotobacters, pouvant fixer l’azote sans avoir besoin de la collaboration des plantes. Cependant, elles en fixent relativement peu, pas assez pour assurer des rendements corrects lorsque, comme en bio, on n’a pas recours à l’azote chimique.

Les bactéries fixatrices d'azote interagissent également avec les plantes dans le cadre de partenariats spécifiques. Des bactéries comme Rhizobium forment des relations symbiotiques qui fixent l'azote, transformant l'azote atmosphérique en ammoniac, une substance assimilable par les plantes grâce à leurs racines. Dans cette fixation, dite symbiotique car elle bénéficie à la fois aux bactéries et aux plantes associées, ces dernières fournissent aux bactéries des substances carbonées et les bactéries fournissent aux plantes de l’azote.

De plus, certaines bactéries dissolvent les minéraux présents dans le sol. Des bactéries comme Micrococcus, Enterobacter et Pseudomonas jouent un rôle crucial dans la solubilisation du phosphore, le rendant ainsi disponible pour l'absorption par les plantes.

Infographie sur les différents types de bactéries du sol et leurs fonctions

Les Champignons : Les Décomposeurs Robuste

Les champignons se distinguent des bactéries par leur taille plus importante et leurs pigments légèrement différents. Ils contribuent fortement à la structure du sol et à la décomposition de la matière organique, participant ainsi de manière significative à la conversion du carbone en matière organique stable. Les champignons sont capables de se nourrir de la cellulose des résidus de récolte, ce que les bactéries du sol ne peuvent pas faire. Ils libèrent notamment de l’ammonium (NH4) qui peut être assimilé par les plantes ou transformé par les bactéries en nitrates.

Les champignons décomposent les matières végétales dures comme le bois et l'écorce des arbres. Ils produisent des enzymes spécifiques qui dissolvent la lignine, substance qui confère sa dureté au bois. Les champignons et les bactéries s'équilibrent mutuellement grâce à des relations symbiotiques. Il est intéressant de noter que différentes plantes préfèrent différents ratios champignons/bactéries. Les cultures annuelles peuvent préférer des ratios plus faibles, tandis que les plantes vivaces préfèrent des ratios plus élevés, soulignant l'importance d'une communauté microbienne équilibrée et adaptée à chaque type de culture.

Les Avantages du Compost pour le Sol et l'Environnement

Le compostage, en tant que méthode naturelle de recyclage des déchets organiques, offre une multitude d’avantages pour enrichir le sol et favoriser la croissance des plantes. Le compost est une source naturelle d’engrais riche en nutriments essentiels tels que l’azote, le phosphore, le potassium, et bien d’autres.

Le compost agit comme un amendement du sol, améliorant sa structure et sa texture. Il favorise la formation d’agrégats stables grâce aux complexes organo-minéraux et à l’humus issus de la décomposition, augmentant ainsi la perméabilité et l’aération du sol. Grâce à sa capacité à améliorer la structure du sol, le compost favorise une meilleure rétention d’eau. Il agit comme une éponge, réduisant les pertes d’eau par ruissellement et limitant ainsi l’érosion du sol. En utilisant du compost, on réduit la dépendance aux engrais chimiques synthétiques.

Le compost abrite une grande diversité de micro-organismes bénéfiques pour le sol, stimulant ainsi l’activité biologique. La matière organique fournit une source d’énergie durable aux micro-organismes du sol. Selon une étude menée par Lori et al. en 2017, les systèmes d'agriculture biologique présentent une biomasse microbienne de 32 à 84 % supérieure à celle des systèmes conventionnels. Il est important de savoir que les engrais chimiques et les pesticides nuisent aux communautés microbiennes du sol. Les fongicides, par exemple, détruisent les champignons nuisibles comme les champignons bénéfiques. Sans ces derniers, les plantes peinent à absorber les nutriments et l'eau.

Le compostage réduit la quantité de déchets envoyés vers les décharges, contribuant ainsi à la réduction des émissions de méthane et à la préservation de l’environnement. La biomasse microbienne du sol représente le fondement d'une agriculture productive et de jardins florissants. Apprendre à connaître les micro-organismes du sol transforme la façon dont on jardine et on cultive. Chaque décision - labourer ou non, choisir les plantes et fertiliser - a un impact sur des milliards d'organismes qui travaillent sous terre. Faire des choix qui les soutiennent est essentiel pour créer un sol plus sain, des plantes plus robustes et de meilleures récoltes qui durent des générations.

La Matière Organique : Le Cœur Vivant du Sol

La matière organique constitue le cœur vivant du sol. Regroupant l’ensemble des résidus végétaux (pailles, feuilles mortes, racines), des fumiers, effluents d’élevage, et des produits issus de la décomposition microbienne ou du compostage, elle ne représente en France que 2 à 5 % de la masse totale d’un sol agricole (Solagro). Ce pourcentage, en apparence faible, est pourtant d’une importance capitale.

La France fait face depuis 50 ans à une baisse globale de la teneur en matière organique de ses sols due à l’intensification agricole, à la spécialisation des productions végétales, et à l’emploi massif d’intrants minéraux. L’intérêt du compost et des amendements organiques dépasse la seule notion de fertilisation azotée ou phosphatée. Chaque type de matière organique affiche un taux de décomposition, une richesse minérale et une capacité à former de l’humus différents.

L’impact des matières organiques ne se limite pas à la fertilité des parcelles. La valorisation des matières organiques est au cœur des transitions agroécologiques. Le retour massif au sol des matières organiques nécessite une approche systémique et territoriale. Face à la dégradation mondiale de la qualité des terres (plus de 24 % des sols de la planète sont dégradés, selon la FAO), le maintien et l’enrichissement de la matière organique s’imposent comme un défi collectif. L’intégration raisonnée du compost et des divers amendements organiques offre des réponses concrètes et mesurables. Le vrai enjeu réside dans la capacité des filières à s’approprier une gestion circulaire et performante des flux de matières.

Des essais menés sur grandes cultures ont montré qu’un apport annuel de 10 t/ha de compost durant 5 ans élève le taux de carbone organique de 15 à 30 % selon la nature du sol et le climat (Ministère de l’Agriculture). Le compost végétal ou « compost vert » est issu du broyage et du compostage des résidus de taille, tontes et feuilles.

À l’heure des transitions écologiques et de la hausse des prix des engrais minéraux, le “retour à la terre” de la matière organique apparaît moins comme un mouvement rétrograde que comme une avancée résolument moderne, alliant science du sol, sobriété et durabilité.

Sensibilisation et Pratiques Durables

Chez SOBAC, nous croyons fermement en l'importance de sensibiliser et d'informer les jardiniers. Comprendre la nature et ses mécanismes permet d'adopter des pratiques respectueuses et efficaces. Parce que nous sommes convaincus qu’il est primordial de rendre un sol fertile plutôt que de perfuser une plante avec de l’engrais, nous aidons à enrichir les sols naturellement, à économiser l'eau et à réduire l'utilisation de produits chimiques.

Tous les agriculteurs et les jardiniers bio savent que le sol et le compost sont le siège d’une activité biologique intense et connaissent le rôle essentiel joué notamment par les vers de terre. Mais ces derniers ne constituent que la partie la plus visible de cette activité. Tout aussi important est le rôle joué par des êtres vivants invisibles et en particulier par les bactéries et les champignons microscopiques.

Lorsqu’une moissonneuse-batteuse récolte une céréale, elle sépare le grain, mais que devient le reste : paille, racines et autres résidus de récolte ? C’est le résultat du travail des êtres vivants du sol. Nous ne parlerons ici que des champignons microscopiques et des bactéries, les deux familles que l’on ne peut voir qu’avec un microscope très puissant.

En somme, le compost est bien plus qu’un simple fertilisant. C’est une ressource précieuse pour améliorer la santé des sols, favoriser la croissance des plantes, réduire l’impact environnemental et encourager des pratiques agricoles durables. C’est un geste simple, à la portée de tous, qui nourrit la terre, renforce nos cultures, préserve la biodiversité et aide à lutter contre le changement climatique.

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