Les infections du citronnier : Comprendre, prévenir et gérer les menaces pour la culture des agrumes

Les cultures d'agrumes à travers le monde font face à une multitude de menaces, allant des maladies bactériennes dévastatrices aux attaques d'insectes ravageurs. Le citronnier, apprécié pour ses fruits parfumés et son feuillage persistant, n'est pas épargné par ces défis. Comprendre la nature de ces infections, savoir les identifier rapidement et mettre en œuvre des stratégies de prévention et de gestion est essentiel pour maintenir la vitalité des arbres et assurer une production durable.

Le Huanglongbing (HLB) : Une menace planétaire pour les agrumes

Le Huanglongbing (HLB), également connu sous le nom de « citrus greening » ou maladie du dragon jaune, est une maladie bactérienne dévastatrice qui décime les vergers d'agrumes à l'échelle mondiale. Cette maladie, causée par une bactérie du genre Candidatus Liberibacter, parasite les vaisseaux conducteurs de sève (le phloème) de l'arbre.

Mécanisme de l'infection et symptômes

En présence de la bactérie, les arbres réagissent en produisant un sucre, la callose, qui s'accumule en excès dans les vaisseaux et les obture, à l'image d'une thrombose. Les produits de la photosynthèse, synthétisés dans les feuilles, ne sont alors plus distribués efficacement dans l'arbre. Après une longue phase asymptomatique, ces dégâts internes se manifestent par des marbrures jaunes sur les feuilles. Les fruits se déforment, prennent une coloration anormale et deviennent plus amers, rendant leur commercialisation impossible. Les rameaux puis des branches dépérissent, ces symptômes commençant souvent sur une branche avant de gagner la totalité de l'arbre. Au bout de quelques années, le bouchage des vaisseaux conduit inéluctablement à la mort des arbres.

Transmission de la bactérie

La bactérie est transmise par deux espèces d'insectes piqueurs-suceurs de la famille des psylles, de petits insectes ailés de 2 à 5 millimètres. Ces psylles se nourrissent en insérant leur rostre dans les plantes pour sucer la sève. Lorsqu'ils se nourrissent sur de très jeunes rameaux d'agrumes porteurs du HLB, ils peuvent être contaminés par la bactérie, qui se multiplie en eux et qu'ils retransmettent à d'autres arbres, à l'instar des moustiques transmettant les virus de la dengue ou du chikungunya. Ces deux espèces de psylles sont assez spécifiques des agrumes et d'espèces apparentées comme l'oranger jasmin (Murraya paniculata).

L'efficacité de la transmission de la bactérie par les psylles est redoutable, une seule piqûre pouvant suffire à transmettre la maladie. Le psylle asiatique (Diaphorina citri), d'origine tropicale et subtropicale, a été observé en Asie, en Amérique du Sud, dans les Caraïbes, en Floride et en Californie. Le psylle africain (Trioza erytreae) est plus adapté aux conditions fraîches de certains plateaux africains.

Impact économique et répartition géographique

Les conséquences économiques du HLB sont dramatiques dans certains pays. Dans tous les territoires touchés, au Brésil comme en Guadeloupe, la production s'est effondrée de plus de 60 % en deux à trois ans après la découverte de la maladie. La Floride a vu des milliers d'emplois s'envoler dans le secteur agrumicole, avec une perte de plus de 3 milliards de dollars et près de 50 % des emplois associés en vingt ans. Partout, des mesures drastiques de quarantaine et de gestion sont mises en place. Le cours du jus d'orange a doublé en un an, et les industriels du secteur peinent à se fournir en matière première.

Pour l'heure, parmi les grandes zones agrumicoles mondiales, seuls le bassin méditerranéen et l'Australie ne sont pas infectés par la maladie. Cependant, le psylle africain est déjà bien implanté en Espagne et au Portugal depuis respectivement 2014 et 2015. Le psylle asiatique, considéré comme le vecteur le plus efficace, a été identifié en Israël en 2021 et, plus récemment encore, à Chypre durant l'été 2023. Ces mouvements à longue distance sont suspectés d'être liés aux échanges commerciaux de plants d'agrumes ou au transport par les voyageurs de plantes ornementales. Les températures plus chaudes associées au changement climatique pourraient également favoriser l'adaptation de D. citri dans l'ensemble du bassin méditerranéen.

Autres maladies et ravageurs majeurs du citronnier

Au-delà du HLB, le citronnier est susceptible d'être affecté par une multitude d'autres maladies fongiques, bactériennes, virales et physiologiques, ainsi que par divers ravageurs. Une identification rapide et une gestion appropriée sont cruciales pour la santé de l'arbre.

Maladies fongiques

Les maladies fongiques sont parmi les plus courantes sur le citronnier, surtout en ambiance humide et mal ventilée.

Fumagine

La fumagine forme un dépôt noirâtre caractéristique sur les feuilles du citronnier. Ce champignon se développe sur le miellat sécrété par des insectes piqueurs-suceurs comme les cochenilles et les pucerons. Pour traiter la fumagine, il faut éliminer les insectes responsables en pulvérisant du savon noir dilué (une cuillère à soupe par litre d'eau). Le nettoyage des feuilles avec un chiffon humide permet de retirer le dépôt noir.

Moniliose

Cette maladie fongique, causée par des champignons du genre Monilinia, attaque spécifiquement les fruits du citronnier, provoquant des taches brunes circulaires qui s'étendent rapidement. Des coussinets blancs ou gris apparaissent sur la surface des citrons, correspondant aux spores du champignon Monilia. Il faut retirer immédiatement tous les fruits atteints et les brûler pour éviter la propagation. La bouillie bordelaise appliquée en prévention limite les risques d'infection.

Mal secco

Le mal secco, ou mal sec, représente l'une des maladies les plus redoutables du citronnier. Ce champignon (Phoma tracheiphila) pénètre dans les vaisseaux de la plante, provoquant un jaunissement puis un brunissement des feuilles d'un côté de l'arbre. Une coupe de branche révèle une coloration orangée due au champignon dans le système vasculaire. La taille des branches atteintes constitue le seul traitement possible, en coupant largement au-delà de la zone infectée. Les maladies des agrumes comme le mal secco nécessitent une intervention rapide pour sauver l'arbre. L'infection a lieu à des températures comprises entre 14 et 28°C, avec une augmentation entre 20 et 25°C. Au-delà de 30°C, le mycélium cesse de se développer mais ne meurt pas. L'infection est plutôt fréquente dans les régions chaudes du bassin méditerranéen et surtout sur les citronniers, plus rare sur les autres agrumes.

Gommose

La gommose se manifeste par un écoulement de gomme dorée translucide sur le tronc ou les branches du citronnier. Cette maladie fongique s'installe souvent à la suite de blessures ou de conditions d'humidité excessive. Le traitement consiste à enlever délicatement la gomme et à badigeonner la plaie avec un mastic cicatrisant ou de l'argile.

Anthracnose

L'anthracnose se caractérise par des taches noires circulaires plus ou moins étendues avec une zone centrale brune ou grise prononcée sur les feuilles, ainsi que des nécroses des branches. Sur les fruits, on observe des taches fermes et sèches de 1,5 mm de diamètre ou plus, de couleur brune à noire. Des amas de spores, d'une coloration brune à noire, apparaissent sur les lésions. Il est important d'éliminer les feuilles tombées au sol et les feuilles atteintes.

Alternariose (tache brune)

Cette maladie, causée par le champignon Alternaria alternata, affecte les agrumes, notamment les jeunes plants qui sont particulièrement vulnérables. Les dégâts peuvent se manifester par de petits anneaux circulaires sur les jeunes feuilles, évoluant vers de grandes taches nécrotiques. L'infection peut entraîner la chute prématurée des fruits. Les fruits mûrs sont plus résistants, mais leur écorce peut prendre un aspect liégeux. Les dégâts sont particulièrement importants en milieu humide et chaud.

Chancre citrique (ou bactérien des agrumes)

Le chancre citrique, aussi appelé chancre bactérien des agrumes ou chancre asiatique des agrumes, est une maladie bactérienne redoutée causée par Xanthomonas axonopodis. Elle provoque des lésions sur les feuilles, les fruits et les tiges. Ces lésions, qui constituent le signe le plus évident d'une infection, sont généralement surélevées, brunes et entourées d'un anneau jaune, et peuvent prendre un aspect liégeux avec le temps. Le pied d'agrume sera moins vigoureux et les fruits moins beaux s'ils ne tombent pas prématurément. Cette bactérie peut se propager par les éclaboussures de pluie et le vent, infectant rapidement des zones de culture entières.

Maladies virales et viroïdes

Les maladies bactériennes et virales restent plus rares, mais souvent graves et irréversibles.

Tristeza (CTV)

Le virus de la tristeza des agrumes (CTV) est une maladie grave transmise par les pucerons. Elle affecte la plupart des variétés d'agrumes (oranges, mandarines, clémentines, citron vert) mais ne touche pas le citronnier directement, bien que les orangers et mandariniers greffés sur bigaradier y soient très sensibles. Un morceau d'écorce prélevé juste au-dessous de la greffe peut présenter à sa face intérieure de nombreux petits trous, des stries verticales ou des dessins polygonaux, appelés “stem pitting”. On observe un jaunissement momentané des jeunes semis, appelé "seedling yellows", et un dépérissement des branches, notamment pour le bigaradier, le citronnier et le pomelo. Les feuilles peuvent présenter des traits clairs visibles par transparence sur les segments des nervures (vein clearing) et une subérification des nervures (vein corking) sur la face supérieure. La taille des fruits est réduite et ils poussent précocement par rapport aux arbres sains. Pour les arbres contaminés par le CTV et aussi par le HLB, le dépérissement est plus rapide. Parfois, aucun symptôme n'est visible, seules des analyses d'échantillons par des laboratoires spécialisés permettent de détecter ce virus. Il n'existe pas de traitement curatif. Les plantes infectées doivent être arrachées et brûlées pour éviter la propagation.

Exocortis

L'exocortis est une maladie à viroïde (Citrus exocortis viroid) transmise par un sécateur mal désinfecté ou des greffons atteints. Elle provoque un dépérissement de l'agrume après que l'écorce se soit bien écaillée. La forme la plus fréquente se manifeste par la formation d'écailles ou de desquamations sur le tronc ou les branches charpentières. La couche superficielle de l'écorce se nécrose, se boursoufle progressivement puis tombe en partie, laissant la région verte de l'écorce non affectée. Cependant, l'écaillement s'étend et s'aggrave, atteignant le tronc ou les branches tout autour, ce qui paralyse la circulation de la sève et entraîne un dépérissement rapide et, à long terme, la mort de l'arbre, avec un brunissement du bois. On peut réduire le mal en nettoyant la partie atteinte jusqu'à la partie vivante de l'écorce pour entraîner des cals de cicatrisation temporaire et en badigeonnant d'argile blanche ou verte avec 1% maximum de bouillie bordelaise, mais le remplacement à long terme sera à envisager.

Ravageurs du citronnier

Les insectes et acariens peuvent affaiblir considérablement les citronniers et favoriser le développement de maladies secondaires.

Cochenilles

Plusieurs types de cochenilles s'attaquent au citronnier. Les cochenilles farineuses forment des amas blancs cotonneux dans les aisselles des feuilles, tandis que les cochenilles à bouclier ressemblent à de petites écailles brunes. Ces petits insectes piqueurs sont protégés par une carapace cireuse : ils pompent la sève de la plante et finissent inévitablement par l'affaiblir en faisant sécher des branches entières. Pour les petites infestations, un coton-tige imbibé d'alcool à 70° permet de retirer manuellement les cochenilles. Un jet d'eau puissant peut aussi les faire tomber des feuilles.

Pucerons

Ces petits insectes colonisent les jeunes pousses et le revers des feuilles du citronnier. Les pucerons provoquent la déformation des tiges et le jaunissement des feuilles. Le savon noir dilué (deux cuillères à soupe par litre d'eau) constitue un traitement naturel efficace. Le puceron brun des agrumes (Aphis citricidus), également connu sous le nom de puceron noir des agrumes, s'attaque aux agrumes en se nourrissant de leurs tissus, mais surtout en transmettant le virus de la tristeza des agrumes (CTV). Les adultes sont bruns ou noirs et peuvent atteindre 2.5 mm de hauteur. Les symptômes d'une infestation par les adultes et les nymphes sur les feuilles comprennent le flétrissement et la chute des fleurs, un retard de croissance et des feuilles crispées.

Acariens

Les acariens microscopiques peuvent causer des dégâts importants.L'acarien rouge des agrumes (Panonychus citri) endommage les plantes en suçant la sève des feuilles et des fruits. Les adultes et les nymphes sont rouge-pourpre, et les femelles peuvent atteindre 0.5 mm de long. Les œufs sont rouges et pédonculés. Les dégâts se manifestent par des piqûres sur les feuilles, qui peuvent évoluer en larges nécroses en cas d'infestation importante. La chute des feuilles peut survenir, exposant ainsi les fruits aux brûlures du soleil. Les effets de l'acarien rouge des agrumes sont souvent plus marqués par temps chaud et sec, lorsque les arbres sont déjà affaiblis.L'acarien de la rouille des agrumes (Phyllocoptruta oleivora), également connu sous le nom d'acarien argenté, endommage les agrumes en se nourrissant de l'écorce des fruits, bien qu'on puisse le trouver sur d'autres parties de la plante. Les adultes mesurent environ 0.25 mm, sont jaunes ou brun clair et ne sont visibles qu'avec une loupe grossissante de 20x. Les dégâts se manifestent par une décoloration des fruits : argentée sur les citrons et rouille sur les oranges. La présence de cet acarien peut entraîner une perte de jus plus rapide des fruits et leur donner un aspect ratatiné.Les acariens des bourgeons d'agrumes (sheldoni) endommagent les agrumes en se nourrissant à l'intérieur des boutons floraux. Ils s'attaquent principalement aux citrons, mais peuvent également endommager de nombreuses autres variétés d'agrumes. Les adultes mesurent jusqu'à 0.25 mm de long et ne sont visibles qu'avec une loupe grossissante de 20x. Ils ont une forme de coin et présentent généralement des nuances de vert, de jaune et de rose. Les dégâts se manifestent le plus souvent par des fruits difformes, mais les feuilles et les fleurs déformées sont également des symptômes fréquents.En cas d'attaque sévère, de fines toiles apparaissent sous les feuilles qui finissent par jaunir et tomber. L'augmentation de l'humidité par brumisation décourage ces ravageurs. L'huile de neem pulvérisée (5 ml par litre d'eau) donne de bons résultats.

Mineuse des agrumes

La mineuse des agrumes (Phyllocnistis citrella) est un tout petit papillon grisâtre, d'origine asiatique, qui pond sur les feuilles des jeunes pousses. Les larves creusent ensuite des galeries bien visibles, faisant disparaître la chlorophylle. Les excréments de la mineuse rendent ces galeries plus visibles et indiquent clairement une infestation active. La croissance des jeunes plants peut être ralentie par l'alimentation de la mineuse.

Teigne du citronnier

La teigne du citronnier (Prays citri) est un insecte dont l'évolution complète du stade chenille à papillon se fait entre 1 et 2 mois. Elle se multiplie toute l'année et attaque donc les agrumes sans interruption. Si vous détectez sa présence, coupez les boutons floraux attaqués. Vous pouvez aussi pulvériser un insecticide biologique à base de Bacillus thuringiensis, efficace contre toutes les chenilles. La pulvérisation avec de l'huile et du savon noir, comme pour les cochenilles, donne de bons résultats.

Mouche méditerranéenne des fruits (cératite)

La mouche méditerranéenne des fruits ou cératite (Ceratitis capitata) est une petite mouche qui pond juste sous l'épiderme des fruits. Les larves se nourrissent du fruit et, une fois parties pour la nymphose, elles laissent le fruit taché et abîmé.

Nématodes

Les nématodes sont des vers microscopiques qui s'attaquent aux racines des agrumes, affaiblissant l'arbre et le rendant plus sensible aux maladies. En pleine terre, aucun traitement n'est totalement efficace, mais on peut limiter leur impact en alternant l'application de purins naturels : purin d'ortie (stimulant et répulsif), purin d'ail (puissant répulsif), purin de fougère-aigle (riche en tanins, répulsif), purin de tanaisie (insectifuge et antifongique) et purin de prêle (renforce les plantes et limite les attaques). Arrosez au pied des plantes, en évitant les pulvérisations sur le feuillage pour certains purins concentrés. En pot, immergez le pot dans de l'eau avec de l'huile de neem ou 10% de purin de tanaisie, d'ortie ou d'ail pendant une demi-journée. Laissez ensuite sécher la terre au soleil jusqu'à ce que les feuilles commencent à se recroqueviller.

Stratégies de prévention et de lutte

Prévenir reste toujours plus efficace que guérir. En mettant en place une stratégie culturale cohérente, les risques sanitaires sont fortement réduits et le citronnier maintenu vigoureux sur le long terme.

Bonnes pratiques culturales

Un citronnier en bonne santé résiste mieux aux maladies. Il faut lui offrir un emplacement ensoleillé, à l'abri des vents froids, dans un sol bien drainé et légèrement acide. L'arrosage doit rester régulier sans excès, en laissant sécher légèrement la surface entre deux apports. Un paillage limite l'évaporation et maintient la fraîcheur du sol.

• Choix des plants et porte-greffes : Achetez des plants avec un passeport sanitaire et sur des porte-greffes résistants (poncirus, C35, 4475 et FA5). Le choix du porte-greffe influence la résistance aux champignons telluriques.
• Hygiène : Désherbez régulièrement le pot de fleur. Ne laissez pas de feuilles ou de résidus par terre. Évacuez les fruits pourris qui sont tombés ou encore accrochés à l'arbre, pour limiter la propagation. Ne pas composter.
• Arrosage : Évitez l'arrosage en immergeant des pots ou en noyant le terrain, ce qui peut favoriser le développement de champignons. Un arrosage adéquat protège les cultures des dégâts causés par la chaleur et la sécheresse.
• Taille : La taille des branches atteintes constitue souvent le seul traitement possible. Taillez les branches atteintes avec un outil propre et désinfectez les outils avant de tailler. Curez les plaies avec un couteau désinfecté, désinfectez à l'alcool 70 % et un chiffon. Badigeonnez les plaies d'argile blanche ou verte avec 1% de cuivre et du propolis sur les endroits infectés.
• Aération : Aérez l'arbre ; on doit pouvoir voir à travers son feuillage. Limitez l'excès d'humidité pour éviter la propagation des champignons.

Surveillance (monitoring)

Une inspection hebdomadaire de cinq minutes permet de détecter rapidement les premiers symptômes. Examinez particulièrement le dessous des feuilles où se cachent souvent les ravageurs. Soyez attentif aux symptômes de décoloration des feuilles et de déformation des fruits (forme et taille). Les espèces d'acariens sont trop petites pour être vues à l'œil nu, mais les ravageurs plus gros peuvent être visibles, surtout en cas d'infestation importante.

Lutte biologique et traitements naturels

• Contrôle des psylles : Pour le bassin méditerranéen, l'urgence est de limiter les populations de psylles, notamment au moyen de la lutte biologique. Ainsi, le Portugal et l'Espagne procèdent actuellement avec succès à des lâchers massifs de parasitoïdes des psylles, de petits insectes qui pondent leurs œufs dans les psylles et dont les larves se développent à leurs dépens. Cette solution sera également mise en place à Chypre.
• Savon noir et huile de neem : Le savon noir liquide constitue la base de nombreux traitements contre les insectes piqueurs. L'huile de neem renforce son action répulsive et insecticide et peut être utilisée en pulvérisation.
• Bouillie bordelaise : La bouillie bordelaise reste le traitement de référence contre les maladies cryptogamiques du citronnier. Elle s'applique en pulvérisation fine sur l'ensemble du feuillage, de préférence par temps sec et sans vent, au printemps, après la floraison et au début du grossissement des fruits.
• Bicarbonate de soude : Pour réduire la germination des spores, utilisez une solution de 5g de bicarbonate par litre d'eau et 5 mL de savon noir par litre, à appliquer sur le feuillage le soir ou tôt le matin.
• Purins naturels : Contre les nématodes et pour renforcer la plante.

Mesures de quarantaine et recherche

Le suivi épidémiologique pour prévenir l'émergence de la bactérie HLB au travers d'échantillonnages réguliers sur l'ensemble du pourtour méditerranéen est une autre priorité. Elle devra conduire, en cas de résultats positifs, à un arrachage immédiat des arbres infectés pour éradiquer les foyers de contamination. L'UE a pris la mesure du problème en catégorisant les bactéries du HLB et leurs psylles vecteurs comme organismes de quarantaine prioritaire, ce qui impose aux États membres des plans de surveillance et de contingence adaptés. En France, les services en charge de la surveillance et le monde de la recherche se mobilisent au travers d'une cellule dédiée au sein de la Plateforme nationale d'Epidémiosurveillance en Santé Végétale et le lancement de plusieurs projets de recherche.

La recherche de variétés et porte-greffes résistants est aujourd'hui un axe de recherche essentiel dans la perspective du développement de systèmes de production durable. Des travaux récents suggèrent que certains génotypes apparentés aux agrumes cultivés, au sein des Aurantioideae, par exemple le citron caviar, présenteraient des caractères de résistance stricte. Cela implique de développer des populations d'hybrides entre des individus résistants et des individus sensibles et de caractériser leur résistance vis-à-vis de la maladie. Les études génétiques et de génomique mises en œuvre sur ce matériel végétal doivent nous permettre d'identifier des gènes associés aux mécanismes de résistance.

Gestes essentiels pour un citronnier vigoureux

Pour assurer la vitalité de votre citronnier et garantir une bonne fructification, il est crucial d'adopter les bons gestes.

• Trousse de soins : Une trousse de soins pour citronnier comprend du savon noir liquide, de l'huile de neem, du chélate de fer, de la bouillie bordelaise et de l'alcool à 70°. Un pulvérisateur de qualité facilite l'application des traitements.
• Hivernage : Les citronniers en pot nécessitent un hivernage en serre froide ou véranda. Le passage brutal du froid au chaud peut provoquer une chute massive des feuilles. L'air sec des intérieurs favorise les araignées rouges et les cochenilles. Une brumisation régulière et l'éloignement des sources de chaleur limitent ces problèmes.
• Fertilisation : Une fertilisation printanière avec un engrais spécial agrumes renforce la résistance naturelle du citronnier.
• Protection hivernale : En pleine terre, la protection hivernale par voile d'hivernage ou paillis épais protège des gelées occasionnelles.
• Prévention des maladies du sol : Ne pas réutiliser l'ancienne terre des pots d'agrumes pendant au moins 3 ans. En cas de doute, passez la terre de rempotage au micro-ondes pendant plusieurs minutes. Ne pas replanter d'agrume au même endroit pendant trois ans.

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